Sekretariat dipimpin oleh seorang sekretaris berkedudukan dibawah dan bertanggung jawab kepada Kepala Badan, dengan tugas pokok memimpin, merencanakan, mengatur mengoordinasikan dan mengendalikan kegiatan operasional administrasi umum, keuangan, dan kepegawaian, serta pengelolaan perencanaan, evaluasi dan pelaporan. Sekretaris dalam melaksanakan tugasnya mempunyai fungsi :

1. Pengoordinasian rencana program dan kegiatan serta pengoordinasian penyusunan bahan laporan program dan kegiatan serta akutanbilitas kinerja lingkup Badan.
2. Pengoordinasian kegiatan operasional perencanaan, administratif ketatausahaan dan arsip, kepegawaian, kehumasan, pengelolaan barang milik daerah, sera pengelolaan keuangan.
3. Pengoordinasian pelaksanaan tugas unit kerja dilingkup sekretariat badan; dan
4. Pemantauan dan evaluasi pelaksanaan tugas dan fungsi Sekretariat berupa pengkajian kebijakan teknis di bidang kesekretariatan.